๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ดํดํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋๋ ๊ณ์ฐ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ, ์ ์ฝ ๊ฐ๋ฐ์์์ ์ค์์ฑ, ์ด ์ค์ํ ๊ณ์ฐ ์๋ฌผํ ๋ถ์ผ์ ๋ฏธ๋ ๋ฐฉํฅ์ ํ๊ตฌํฉ๋๋ค.
๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ: ๊ณ์ฐ ์๋ฌผํ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ๊ณผ ๊ทธ ์ํฅ
ํด๋ฆฌํฉํ์ด๋ ์ฌ์ฌ์ด ๊ธฐ๋ฅ์ ์ธ 3์ฐจ์(3D) ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ํ๋ํ๋ ๊ณผ์ ์ธ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์๋ฌผํ์ ๊ทผ๋ณธ์ ์ธ ๋ฌธ์ ์ ๋๋ค. ์์์ ํน์ 3D ๋ฐฐ์ด์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ธฐ๋ฅ์ ๊ฒฐ์ ํ๋ฉฐ, ์ํํ ๋ฐ์ ์ด๋งค, ๋ถ์ ์ด์ก, ๊ตฌ์กฐ์ ์ง์ ์ ๊ณต๊ณผ ๊ฐ์ด ์ธํฌ ๋ด์์ ๋ค์ํ ์ญํ ์ ์ํํ ์ ์๋๋ก ํฉ๋๋ค. ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ง๋ฐฐํ๋ ์๋ฆฌ๋ฅผ ์ดํดํ๋ ๊ฒ์ ์๋ฌผํ์ ๊ณผ์ ์ ์ดํดํ๊ณ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ๊ณผ ๊ด๋ จ๋ ์ง๋ณ์ ๋ํ ์๋ก์ด ์น๋ฃ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
"์ ํ ๋ฌธ์ "๋ ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์์ด์์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ 3D ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๊ณผ์ ๋ฅผ ๋งํฉ๋๋ค. X์ ๊ฒฐ์ ํ, NMR ๋ถ๊ด๋ฒ, ์ ์จ ์ ์ ํ๋ฏธ๊ฒฝ๊ณผ ๊ฐ์ ์คํ ๊ธฐ๋ฒ์ผ๋ก ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๊ฒฐ์ ํ ์ ์์ง๋ง, ์ข ์ข ์๊ฐ์ด ๋ง์ด ๊ฑธ๋ฆฌ๊ณ ๋น์ฉ์ด ๋ง์ด ๋ค๋ฉฐ ๋ชจ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํญ์ ์ ์ฉ ๊ฐ๋ฅํ ๊ฒ์ ์๋๋๋ค. ๊ณ์ฐ์ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์์ธกํ๊ณ ์ดํดํ๋ ๋ฐ ์ํธ ๋ณด์์ ์ด๋ฉฐ ์ ์ ๋ ๊ฐ๋ ฅํ ์๋จ์ ์ ๊ณตํฉ๋๋ค.
๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ค์์ฑ
๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ค์์ฑ์ ์๋ฌผํ ๋ฐ ์ํ์ ์ฌ๋ฌ ๋ถ์ผ๋ก ํ์ฅ๋ฉ๋๋ค.
- ์ง๋ณ ์ดํด: ์์ธ ํ์ด๋จธ๋ณ, ํํจ์จ๋ณ, ํํ ํด๋ณ, ํ๋ฆฌ์จ ์ง๋ณ์ ํฌํจํ ๋ง์ ์ง๋ณ์ด ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ ๋ฐ ์์ง๊ณผ ๊ด๋ จ์ด ์์ต๋๋ค. ๋จ๋ฐฑ์ง์ด ์ค์ ํ๋๋ ๋ฐฉ์์ ์ดํดํ๋ฉด ํ์ ์น๋ฃ๋ฒ ๊ฐ๋ฐ๋ก ์ด์ด์ง ์ ์์ต๋๋ค. ์๋ฅผ ๋ค์ด, ์์ธ ํ์ด๋จธ๋ณ์์ ์๋ฐ๋ก์ด๋ ๋ฒ ํ ํฉํ์ด๋์ ์ค์ ํ์ ๋ํ ์ฐ๊ตฌ๋ ์์ง์ ๋ฐฉ์งํ๋ ์ ์ฌ์ ์ธ ์น๋ฃ ๊ฐ์ ์ ํ๊ตฌํ๊ธฐ ์ํด ๊ณ์ฐ ๋ชจ๋ธ์ ํ์ฉํฉ๋๋ค.
- ์ ์ฝ ๊ฐ๋ฐ: ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ์ ๋ํ ์ง์์ ํฉ๋ฆฌ์ ์ธ ์ฝ๋ฌผ ์ค๊ณ์ ํ์์ ์ ๋๋ค. ๋จ๋ฐฑ์ง ํ์ ์ 3D ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์ดํดํจ์ผ๋ก์จ ์ฐ๊ตฌ์๋ค์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํน์ด์ ์ผ๋ก ๊ฒฐํฉํ์ฌ ๊ธฐ๋ฅ์ ์กฐ์ ํ๋ ์ฝ๋ฌผ์ ์ค๊ณํ ์ ์์ต๋๋ค. ๊ณ์ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ง์ํ๋ ๊ตฌ์กฐ ์๋ฌผํ์ HIV ํ๋กํ ์์ ๋ฐ ์ธํ๋ฃจ์์ ๋ด๋ผ๋ฏธ๋๋ค์ ํ์ ์ฝ๋ฌผ ๊ฐ๋ฐ์ ์ค์ํ ์ญํ ์ ํ์ฌ ๊ตฌ์กฐ ๊ธฐ๋ฐ ์ฝ๋ฌผ ์ค๊ณ์ ํ์ ๋ณด์ฌ์ฃผ์์ต๋๋ค.
- ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ง๋์ด๋ง: ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๊ณ ์กฐ์ํ๋ ๋ฅ๋ ฅ์ ๊ณผํ์๋ค์ด ์ฐ์ ๋ฐ ์๋ช ๊ณตํ ์์ฉ์ ์ํด ์๋ก์ด ๊ธฐ๋ฅ์ด๋ ๊ฐ์ ๋ ํน์ฑ์ ๊ฐ์ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์ง๋์ด๋งํ ์ ์๋๋ก ํฉ๋๋ค. ์ฌ๊ธฐ์๋ ์ด๋งค ํ์ฑ์ด ํฅ์๋ ํจ์ ์ค๊ณ, ์์ ์ฑ์ด ์ฆ๊ฐ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ฐ๋ฐ, ์๋ก์ด ์์ฒด ์ฌ๋ฃ ์์ฑ ๋ฑ์ด ํฌํจ๋ฉ๋๋ค. ์๋ก๋ ๋ฐ์ด์ค ์ฐ๋ฃ ์์ฐ์ ์ํ ํจ์ ์์ง๋์ด๋ง ๋ฐ ๊ฒฐํฉ ์นํ๋๊ฐ ํฅ์๋ ํญ์ฒด ์ค๊ณ๊ฐ ์์ต๋๋ค.
- ๊ธฐ์ด ์๋ฌผํ: ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ ์๋ฆฌ๋ฅผ ๊ท๋ช ํ๋ ๊ฒ์ ์๋ฌผํ์ ๊ทผ๋ณธ ๋ฒ์น์ ๋ํ ํต์ฐฐ๋ ฅ์ ์ ๊ณตํ๊ณ ๋ถ์ ์์ค์์ ์๋ช ์ด ์ด๋ป๊ฒ ์๋ํ๋์ง ์ดํดํ๋ ๋ฐ ๋์์ด ๋ฉ๋๋ค. ์ด๋ ์์ด, ๊ตฌ์กฐ ๋ฐ ๊ธฐ๋ฅ ๊ฐ์ ๊ด๊ณ์ ๋ํ ์ดํด๋ฅผ ํฅ์์ํค๊ณ ์๋ฌผํ ์์คํ ์ ์ฐ์ํจ์ ๊ฐ์ํ ์ ์๊ฒ ํฉ๋๋ค.
๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ๋ํ ๊ณ์ฐ์ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์
๊ณ์ฐ ์๋ฌผํ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ ๋ฌธ์ ๋ฅผ ํด๊ฒฐํ๊ธฐ ์ํด ๋ค์ํ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ๊ณผ ๊ธฐ์ ์ ์ฌ์ฉํฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ํฌ๊ฒ ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ(ab initio), ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ(ํ ํ๋ฆฟ ๊ธฐ๋ฐ), ํ์ด๋ธ๋ฆฌ๋ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์์ผ๋ก ๋ถ๋ฅ๋ ์ ์์ต๋๋ค. ๋จธ์ ๋ฌ๋์ ๋ถ์๋ ์ด ๋ถ์ผ๋ฅผ ํ์ ํ์ผ๋ฉฐ, ๋ฅ๋ฌ๋๊ณผ ๊ฐ์ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ๋๋ผ์ด ์ฑ๊ณต์ ๊ฑฐ๋์์ต๋๋ค.
1. ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ (Ab Initio) ๋ฐฉ๋ฒ
Ab initio, ์ฆ "์ฒซ ๋ฒ์งธ ์๋ฆฌ๋ก๋ถํฐ"๋ผ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ฌผ๋ฆฌ ๋ฒ์น์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ง๋ฐฐํ๋ ๋ฌผ๋ฆฌ์ ํ์ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ํ๋ ค๊ณ ์๋ํฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์์ ์ฃผ๋ณ ํ๊ฒฝ ๊ฐ์ ์ํธ ์์ฉ์ ์ค๋ช ํ๋ ์๋์ง ํจ์(ํ์ฅ)์ ์์กดํฉ๋๋ค. ๋ชฉํ๋ ์ ์ฌ์ ์๋์ง๋ฅผ ์ต์ํํ์ฌ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ณ ์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์ฐพ๋ ๊ฒ์ ๋๋ค.
a. ๋ถ์ ๋์ญํ (MD) ์๋ฎฌ๋ ์ด์
MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๋์ ํ๋์ ์ฐ๊ตฌํ๋ ๊ฐ๋ ฅํ ๋๊ตฌ์ ๋๋ค. ์ด๋ ์์คํ ์ ๋ชจ๋ ์์์ ๋ํ ๋ดํด ์ด๋ ๋ฐฉ์ ์์ ์์น์ ์ผ๋ก ํด๊ฒฐํ์ฌ ์ฐ๊ตฌ์๊ฐ ์๊ฐ์ด ์ง๋จ์ ๋ฐ๋ผ ๋จ๋ฐฑ์ง์ด ์ด๋ป๊ฒ ์์ง์ด๊ณ ์ ํ๋์ง ๊ด์ฐฐํ ์ ์๋๋ก ํฉ๋๋ค. MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ๋ฐ์ํ๋ ์ผ์์ ์ธ ์ํธ ์์ฉ ๋ฐ ๊ตฌ์กฐ ๋ณํ๋ฅผ ํฌ์ฐฉํ์ฌ ์ ํ ๊ณผ์ ์ ๋ํ ์์ธํ ์์์ ์๊ฐ์ ์ ๊ณตํฉ๋๋ค.
MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์ฃผ์ ์ธก๋ฉด:
- ํ์ฅ: ์ ํํ ํ์ฅ์ ์ ๋ขฐํ ์ ์๋ MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์ค์ํฉ๋๋ค. ์ผ๋ฐ์ ์ธ ํ์ฅ์๋ AMBER, CHARMM, GROMOS ๋ฐ OPLS๊ฐ ํฌํจ๋ฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ํ์ฅ์ ๊ฒฐํฉ ์ ์ถ, ๊ฐ๋ ๊ตฝํ, ๋นํ๋ฆผ ํ์ ๋ฐ ๋น๊ฒฐํฉ ์ํธ ์์ฉ(๋ฐ๋ฐ๋ฅด๋ฐ์ค ๋ฐ ์ ์ ๊ธฐ ํ)์ ๋ํ ํญ์ ํฌํจํ๋ ์ ์ฌ์ ์๋์ง ํจ์๋ฅผ ์ ์ํฉ๋๋ค.
- ์ฉ๋งค ๋ชจ๋ธ: ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก ๋ฌผ์ธ ์ฉ๋งค ํ๊ฒฝ์์ ์ ํ๋๋ค. ์ฉ๋งค ๋ชจ๋ธ์ ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ์ฃผ๋ณ ๋ฌผ ๋ถ์ ๊ฐ์ ์ํธ ์์ฉ์ ๋ํ๋ ๋๋ค. ์ผ๋ฐ์ ์ธ ์ฉ๋งค ๋ชจ๋ธ์๋ TIP3P, TIP4P ๋ฐ SPC/E๊ฐ ํฌํจ๋ฉ๋๋ค.
- ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์๊ฐ ๊ท๋ชจ: ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ๋ง์ดํฌ๋ก์ด์์ ์ด ๋๋ ๊ทธ ์ด์์ ์๊ฐ ๊ท๋ชจ๋ก ๋ฐ์ํ ์ ์์ต๋๋ค. ํ์ค MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ๊ณ์ฐ ๋น์ฉ์ผ๋ก ์ธํด ์ข ์ข ๋๋ ธ์ด ๋๋ ๋ง์ดํฌ๋ก์ด๋ก ์ ํ๋ฉ๋๋ค. ํฅ์๋ ์ํ๋ง ๋ฐฉ๋ฒ๊ณผ ๊ฐ์ ๊ณ ๊ธ ๊ธฐ์ ์ ์ด๋ฌํ ํ๊ณ๋ฅผ ๊ทน๋ณตํ๊ณ ๋ ๊ธด ์๊ฐ ๊ท๋ชจ๋ฅผ ํ์ํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
- ํฅ์๋ ์ํ๋ง ๋ฐฉ๋ฒ: ์ด๋ฌํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์๋์ง์ ์ผ๋ก ๋ถ๋ฆฌํ ์์ญ์ผ๋ก ํธํฅ์ํค๊ฑฐ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ ๋ฐ์ ์ธ ๋ชจ์์ ์ค๋ช ํ๋ ์งํฉ ๋ณ์๋ฅผ ๋์ ํ์ฌ ๊ตฌ์กฐ ๊ณต๊ฐ ํ์์ ๊ฐ์ํํฉ๋๋ค. ์๋ก๋ ์ฐ์ฐ ์ํ๋ง, ๋ณต์ ๊ตํ MD(REMD), ๋ฉํ์ญํ์ด ์์ต๋๋ค.
์: ์ฐ๊ตฌ์๋ค์ ํฅ์๋ ์ํ๋ง ๊ธฐ์ ์ ์ฌ์ฉํ MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ํตํด ๋น๋ฆฐ ํค๋ํผ์ค ๋ฐ ์น๋๋ฆฐ๊ณผ ๊ฐ์ ์์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ ํ์ ์ฐ๊ตฌํ์ฌ ์ ํ ๊ฒฝ๋ก ๋ฐ ์๋์ง ํ๋ฉด์ ๋ํ ํต์ฐฐ๋ ฅ์ ์ ๊ณตํ์ต๋๋ค. ์ด๋ฌํ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ํ์ฅ์ ๊ฒ์ฆํ๊ณ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ๊ธฐ๋ณธ ์๋ฆฌ์ ๋ํ ์ดํด๋ฅผ ๊ฐ์ ํ๋ ๋ฐ ๋์์ด ๋์์ต๋๋ค.
b. ๋ชฌํ ์นด๋ฅผ๋ก (MC) ๋ฐฉ๋ฒ
๋ชฌํ ์นด๋ฅผ๋ก ๋ฐฉ๋ฒ์ ์์น ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ์ป๊ธฐ ์ํด ๋ฌด์์ ์ํ๋ง์ ์์กดํ๋ ๊ณ์ฐ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ ํด๋์ค์ ๋๋ค. ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์์ MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ ๊ณต๊ฐ์ ํ์ํ๊ณ ๊ฐ์ฅ ๋ฎ์ ์๋์ง ์ํ๋ฅผ ๊ฒ์ํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ฃผ์ ์ธก๋ฉด:
- ๊ตฌ์กฐ ์ํ๋ง: MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ์ ๋ฌด์์ ๋ณ๊ฒฝ์ ์์ฑํ๊ณ ๊ฒฐ๊ณผ ๊ตฌ์กฐ์ ์๋์ง๋ฅผ ํ๊ฐํฉ๋๋ค. ์๋์ง๊ฐ ์ด์ ๊ตฌ์กฐ๋ณด๋ค ๋ฎ์ผ๋ฉด ๋ณ๊ฒฝ์ด ์๋ฝ๋ฉ๋๋ค. ์๋์ง๊ฐ ๋์ผ๋ฉด ๋ฉํธ๋กํด๋ฆฌ์ค ๊ธฐ์ค์ ๋ฐ๋ผ ์จ๋์ ์๋์ง ์ฐจ์ด์ ๋ฐ๋ผ ํ๋ฅ ๋ก ๋ณ๊ฒฝ์ด ์๋ฝ๋ฉ๋๋ค.
- ์๋์ง ํจ์: MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ํ ์๋์ง ํจ์๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ค๋ฅธ ๊ตฌ์กฐ์ ์์ ์ฑ์ ํ๊ฐํฉ๋๋ค. ์๋์ง ํจ์์ ์ ํ์ ๊ฒฐ๊ณผ์ ์ ํ์ฑ์ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ๋ ์ด๋๋ง: ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ๋ ์ด๋๋ง์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์ฌ์ฉ๋๋ ์ผ๋ฐ์ ์ธ MC ๊ธฐ์ ์ ๋๋ค. ์ด๋ ์์คํ ์จ๋๋ฅผ ์ ์ง์ ์ผ๋ก ๋ฎ์ถ์ด ๋จ๋ฐฑ์ง์ด ๊ณ ์จ์์ ๊ด๋ฒ์ํ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ํ์ํ๊ณ ์ ์จ์์ ์ ์๋์ง ์ํ๋ก ์ ์ฐฉํ๋๋ก ํฉ๋๋ค.
์: MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ์์ ํฉํ์ด๋ ๋ฐ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋์์ต๋๋ค. ์์ธํ ๋์ ์ฐ๊ตฌ์ ๋ํ MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ๋งํผ ์ ํํ์ง๋ ์์ง๋ง, MC ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋๊ท๋ชจ ๊ตฌ์กฐ ๊ณต๊ฐ์ ํ์ํ๋ ๋ฐ ๊ณ์ฐ์ ์ผ๋ก ํจ์จ์ ์ผ ์ ์์ต๋๋ค.
2. ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ (ํ ํ๋ฆฟ ๊ธฐ๋ฐ) ๋ฐฉ๋ฒ
์ง์ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋ฐ์ดํฐ๋ฒ ์ด์ค(PDB)์ ๊ฐ์ ๋ฐ์ดํฐ๋ฒ ์ด์ค์์ ์ฌ์ฉ ๊ฐ๋ฅํ ํ๋ถํ ๊ตฌ์กฐ ์ ๋ณด๋ฅผ ํ์ฉํฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ ์ฌํ ์์ด์ ๊ฐ์ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ด ์ข ์ข ์ ์ฌํ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๊ฐ์ง๋ค๋ ์๋ฆฌ์ ์์กดํฉ๋๋ค. ์ด๋ ์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง๊ณผ ์ค๋ ๋ฉ์ผ๋ก ํฌ๊ฒ ๋ถ๋ฅ๋ ์ ์์ต๋๋ค.
a. ์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง
์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง, ๋๋ ๋น๊ต ๋ชจ๋ธ๋ง์ ์๋ ค์ง ๊ตฌ์กฐ(ํ ํ๋ฆฟ)๋ฅผ ๊ฐ์ง ์๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค. ์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง์ ์ ํ๋๋ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ฐ์ ์์ด ์ ์ฌ์ฑ์ ๋ฐ๋ผ ๋ฌ๋ผ์ง๋๋ค. ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก ๋์ ์์ด ์ ์ฌ์ฑ(50% ์ด์)์ ๋ ์ ํํ ๋ชจ๋ธ๋ก ์ด์ด์ง๋๋ค.
์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง์ ํฌํจ๋๋ ๋จ๊ณ:
- ํ ํ๋ฆฟ ๊ฒ์: ์ฒซ ๋ฒ์งธ ๋จ๊ณ๋ PDB์์ ์ ์ ํ ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์๋ณํ๋ ๊ฒ์ ๋๋ค. ์ด๋ ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก BLAST ๋๋ PSI-BLAST์ ๊ฐ์ ์์ด ์ ๋ ฌ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ํ๋ฉ๋๋ค.
- ์์ด ์ ๋ ฌ: ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์ด์ ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์ด๊ณผ ์ ๋ ฌ๋ฉ๋๋ค. ์ ํํ ์์ด ์ ๋ ฌ์ ์ต์ข ๋ชจ๋ธ์ ํ์ง์ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ๋ชจ๋ธ ๊ตฌ์ถ: ์์ด ์ ๋ ฌ์ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ขํ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ 3D ๋ชจ๋ธ์ด ๊ตฌ์ถ๋ฉ๋๋ค. ์ด๋ ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์ขํ๋ฅผ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํด๋น ์๊ธฐ์ ๋ณต์ฌํ๋ ๊ฒ์ ํฌํจํฉ๋๋ค.
- ๋ฃจํ ๋ชจ๋ธ๋ง: ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ์ ์ ๋ ฌ๋์ง ์๋ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์ญ(์: ๋ฃจํ ์์ญ)์ ํน์ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ชจ๋ธ๋ง๋ฉ๋๋ค.
- ๋ชจ๋ธ ์ ์ : ์ด๊ธฐ ๋ชจ๋ธ์ ์๋์ง ์ต์ํ ๋ฐ MD ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ ์ฒด ํํ์ ๊ฐ์ ํ๊ณ ์ ์ฒด ์ถฉ๋์ ์ ๊ฑฐํ๊ธฐ ์ํด ์ ์ ๋ฉ๋๋ค.
- ๋ชจ๋ธ ํ๊ฐ: ์ต์ข ๋ชจ๋ธ์ ์ ๋ขฐ์ฑ์ ๋ณด์ฅํ๊ธฐ ์ํด ๋ค์ํ ํ์ง ํ๊ฐ ๋๊ตฌ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ํ๊ฐ๋ฉ๋๋ค.
์: ์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง์ ๋ค์ํ ์๋ฌผํ์ ๊ณผ์ ์ ๊ด์ฌํ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ๋๋ฆฌ ์ฌ์ฉ๋์์ต๋๋ค. ์๋ฅผ ๋ค์ด, ํญ์ฒด, ํจ์ ๋ฐ ์์ฉ์ฒด์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๋ชจ๋ธ๋งํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋์ด ์ ์ฝ ๊ฐ๋ฐ ๋ฐ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ง๋์ด๋ง์ ์ ์ฉํ ์ ๋ณด๋ฅผ ์ ๊ณตํ์ต๋๋ค.
b. ์ค๋ ๋ฉ
์ค๋ ๋ฉ, ๋๋ ํด๋ ์ธ์์ ์๋ ค์ง ๋จ๋ฐฑ์ง ํด๋ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ์์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด์ ๊ฐ์ฅ ์ ํฉํ ํด๋๋ฅผ ์๋ณํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค. ์๋์ฑ ๋ชจ๋ธ๋ง๊ณผ ๋ฌ๋ฆฌ ์ค๋ ๋ฉ์ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ํ ํ๋ฆฟ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ฌ์ด์ ์๋นํ ์์ด ์ ์ฌ์ฑ์ด ์์ ๋๋ ์ฌ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค.
์ค๋ ๋ฉ์ ํฌํจ๋๋ ๋จ๊ณ:
- ํด๋ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ: ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก PDB์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ์๋ ค์ง ๋จ๋ฐฑ์ง ํด๋ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ๊ฐ ์์ฑ๋ฉ๋๋ค.
- ์์ด-๊ตฌ์กฐ ์ ๋ ฌ: ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์์ด์ ๋ผ์ด๋ธ๋ฌ๋ฆฌ์ ๊ฐ ํด๋์ ์ ๋ ฌ๋ฉ๋๋ค. ์ด๋ ๊ฐ ํด๋์ ๊ตฌ์กฐ์ ํ๊ฒฝ๊ณผ ์์ด์ ํธํ์ฑ์ ํ๊ฐํ๋ ๊ฒ์ ํฌํจํฉ๋๋ค.
- ์ ์ ํจ์: ์ ์ ํจ์๋ ์์ด-๊ตฌ์กฐ ์ ๋ ฌ์ ํ์ง์ ํ๊ฐํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค. ์ ์ ํจ์๋ ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์ ํ๊ณผ ๊ตญ์ ํ๊ฒฝ์ ํธํ์ฑ, ํจํน ๋ฐ๋, 2์ฐจ ๊ตฌ์กฐ ์ ํธ๋์ ๊ฐ์ ์์๋ฅผ ๊ณ ๋ คํฉ๋๋ค.
- ํด๋ ์์ ์ง์ : ํด๋๋ ์ ์๋ฅผ ๊ธฐ์ค์ผ๋ก ์์๊ฐ ์ง์ ๋๊ณ ์ต๊ณ ์์ ํด๋๊ฐ ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๋ํ ์์ธก ํด๋๋ก ์ ํ๋ฉ๋๋ค.
- ๋ชจ๋ธ ๊ตฌ์ถ: ์ ํ๋ ํด๋๋ฅผ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ๋์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ 3D ๋ชจ๋ธ์ด ๊ตฌ์ถ๋ฉ๋๋ค.
์: ์ค๋ ๋ฉ์ ์๋ก์ด ์์ด์ ๊ฐ์ง ๋จ๋ฐฑ์ง ๋๋ ์๋ ค์ง ๋จ๋ฐฑ์ง๊ณผ ์ฝํ ์์ด ์ ์ฌ์ฑ์ ๊ฐ์ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํด๋๋ฅผ ์๋ณํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋์์ต๋๋ค. ํนํ ๊ฒฐ์ ํํ๊ธฐ ์ด๋ ค์ด ๋ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํด๋๋ฅผ ์๋ณํ๋ ๋ฐ ์ ์ฉํ์ต๋๋ค.
3. ํ์ด๋ธ๋ฆฌ๋ ๋ฐฉ๋ฒ
ํ์ด๋ธ๋ฆฌ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ์ ํ์ฑ๊ณผ ํจ์จ์ฑ์ ํฅ์์ํค๊ธฐ ์ํด ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐ ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์์ ์์๋ฅผ ๊ฒฐํฉํฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ข ์ข ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ ์ ์ฝ ์กฐ๊ฑด์ด๋ ์ ์ ํจ์๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์๋ดํ๊ฑฐ๋ ๊ทธ ๋ฐ๋๋ก ์๋ํฉ๋๋ค.
์: Rosetta ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐ ab initio ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์์ ๊ฒฐํฉํ๋ ๋๋ฆฌ ์ฌ์ฉ๋๋ ํ์ด๋ธ๋ฆฌ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋๋ค. ์๋์ง ํญ๊ณผ ์๋ ค์ง ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ์์ ํ์๋ ํต๊ณ์ ์ ์ฌ๋ ฅ์ ๋ชจ๋ ํฌํจํ๋ ์ ์ ํจ์๋ฅผ ์ฌ์ฉํฉ๋๋ค. Rosetta๋ ์๋ก์ด ํด๋๋ฅผ ๊ฐ์ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ ํฌํจํ ๋ค์ํ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฑ๊ณตํ์ต๋๋ค.
4. ๋จธ์ ๋ฌ๋ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์
๋จธ์ ๋ฌ๋, ํนํ ๋ฅ๋ฌ๋์ ์ถํ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ ๋ถ์ผ๋ฅผ ํ์ ํ์ต๋๋ค. ๋จธ์ ๋ฌ๋ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด ๋ฐ ๊ตฌ์กฐ์ ๋๊ท๋ชจ ๋ฐ์ดํฐ ์ธํธ์์ ๋ณต์กํ ํจํด์ ํ์ตํ ์ ์์ผ๋ฉฐ, ์ด๋ ์ ๋ก ์๋ ์ ํ๋๋ก ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ ์ ์์ต๋๋ค.
a. ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ์ํ ๋ฅ๋ฌ๋
์ปจ๋ณผ๋ฃจ์ ์ ๊ฒฝ๋ง(CNN) ๋ฐ ์ํ ์ ๊ฒฝ๋ง(RNN)๊ณผ ๊ฐ์ ๋ฅ๋ฌ๋ ๋ชจ๋ธ์ 2์ฐจ ๊ตฌ์กฐ, ์ ์ด ๋งต ๋ฐ ์๊ธฐ ๊ฐ ๊ฑฐ๋ฆฌ์ ๊ฐ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ์ ๋ค์ํ ์ธก๋ฉด์ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋์์ต๋๋ค. ์ด๋ฌํ ์์ธก์ 3D ๋ชจ๋ธ ๊ตฌ์ถ์ ์๋ดํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ ์ ์์ต๋๋ค.
๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ์ฌ์ฉ๋๋ ์ฃผ์ ๋ฅ๋ฌ๋ ์ํคํ ์ฒ:
- ์ปจ๋ณผ๋ฃจ์ ์ ๊ฒฝ๋ง (CNN): CNN์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด์ ๊ตญ์ ํจํด์ ์๋ณํ๊ณ 2์ฐจ ๊ตฌ์กฐ ์์(์ํ ๋์ , ๋ฒ ํ ์ํธ ๋ฐ ๋ฃจํ)๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
- ์ํ ์ ๊ฒฝ๋ง (RNN): RNN์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด์ ์ฅ๊ฑฐ๋ฆฌ ์ข ์์ฑ์ ํฌ์ฐฉํ๊ณ ์ ์ด ๋งต(3D ๊ตฌ์กฐ์์ ์ด๋ค ์๊ธฐ๊ฐ ๊ฐ๊น์ด ์๋์ง ๋ณด์ฌ์ฃผ๋ ๋งต)์ ์์ธกํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
- ์ดํ ์ ๋ฉ์ปค๋์ฆ: ์ดํ ์ ๋ฉ์ปค๋์ฆ์ ๋ชจ๋ธ์ด ์์ธก์ ํ ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด์ ๊ฐ์ฅ ๊ด๋ จ์ฑ ์๋ ๋ถ๋ถ์ ์ง์คํ ์ ์๋๋ก ํฉ๋๋ค.
b. AlphaFold ๋ฐ ๊ทธ ์ํฅ
DeepMind์์ ๊ฐ๋ฐํ AlphaFold๋ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์์ ํ๊ธฐ์ ์ธ ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ๋ฌ์ฑํ ๋ฅ๋ฌ๋ ๊ธฐ๋ฐ ์์คํ ์ ๋๋ค. AlphaFold๋ CNN๊ณผ ์ดํ ์ ๋ฉ์ปค๋์ฆ์ ๊ฒฐํฉํ ์๋ก์ด ์ํคํ ์ฒ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์๊ธฐ ๊ฐ ๊ฑฐ๋ฆฌ์ ๊ฐ๋๋ฅผ ์์ธกํฉ๋๋ค. ์ด๋ฌํ ์์ธก์ ๊ธฐ์ธ๊ธฐ ํ๊ฐ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ 3D ๋ชจ๋ธ์ ์์ฑํ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
AlphaFold์ ์ฃผ์ ํน์ง:
- ์ข ๋จ ๊ฐ ํ์ต: AlphaFold๋ ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์์ด์์ ์ง์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋๋ก ์ข ๋จ ๊ฐ ํ์ต๋ฉ๋๋ค.
- ์ดํ ์ ๋ฉ์ปค๋์ฆ: ์ดํ ์ ๋ฉ์ปค๋์ฆ์ ๋ชจ๋ธ์ด ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ๊ฐ์ ๊ฐ์ฅ ๊ด๋ จ์ฑ ์๋ ์ํธ ์์ฉ์ ์ง์คํ ์ ์๋๋ก ํฉ๋๋ค.
- ์ฌํ์ฉ: AlphaFold๋ ์์ธก์ ๋ชจ๋ธ์ ๋ค์ ํผ๋ํ์ฌ ๋ฐ๋ณต์ ์ผ๋ก ์ ์ ํฉ๋๋ค.
AlphaFold๋ ๋ง์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๋ํด ๊ฑฐ์ ์คํ์ ์ธ ์ ํ๋๋ฅผ ๋ฌ์ฑํ์ฌ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ์ ํ์ฑ์ ๊ทน์ ์ผ๋ก ํฅ์์์ผฐ์ต๋๋ค. ์ด ๋ถ์ผ์ ๋ฏธ์น ์ํฅ์ ์ฌ์คํ์ฌ ์ ์ฝ ๊ฐ๋ฐ, ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ง๋์ด๋ง, ์ง๋ณ ๋ฉ์ปค๋์ฆ ์ดํด๋ฅผ ํฌํจํ ๋ค์ํ ์๋ฌผํ ๋ฐ ์ํ ๋ถ์ผ์ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ๊ฐ์ํํ์ต๋๋ค.
์: CASP (Critical Assessment of Structure Prediction) ๋ํ์์ AlphaFold์ ์ฑ๊ณต์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ์ํ ๋ฅ๋ฌ๋์ ํ์ ๋ณด์ฌ์ฃผ์์ต๋๋ค. ์ด์ ์ ํด๊ฒฐ๋์ง ์์ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์ ํํ๊ฒ ์์ธกํ๋ ๋ฅ๋ ฅ์ ์ฐ๊ตฌ ๋ฐ ๋ฐ๊ฒฌ์ ์ํ ์๋ก์ด ๊ธธ์ ์ด์์ต๋๋ค.
๊ณผ์ ๋ฐ ๋ฏธ๋ ๋ฐฉํฅ
๊ณ์ฐ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ ๋ถ์ผ์์ ์๋นํ ๋ฐ์ ์๋ ๋ถ๊ตฌํ๊ณ ๋ช ๊ฐ์ง ๊ณผ์ ๊ฐ ๋จ์ ์์ต๋๋ค.
- ์ ํ๋: AlphaFold์ ๊ฐ์ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ ํ๋๋ฅผ ํฌ๊ฒ ํฅ์์์ผฐ์ง๋ง, ํนํ ๋ณต์กํ ํด๋๋ฅผ ๊ฐ์ง๊ฑฐ๋ ์๋ ํ ํ๋ฆฟ์ด ๋ถ์กฑํ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ฒฝ์ฐ ๋ชจ๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๋์ ์ ํ๋๋ก ์์ธกํ๋ ๊ฒ์ ์ฌ์ ํ ์ด๋ ค์ด ๊ณผ์ ์ ๋๋ค.
- ๊ณ์ฐ ๋น์ฉ: ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ๊ณ์ฐ ๋น์ฉ์ด ๋ง์ด ๋ค ์ ์์ด ๋๊ท๋ชจ ๋จ๋ฐฑ์ง ๋๋ ์ฅ์๊ฐ ๊ท๋ชจ์์์ ์ ์ฉ์ด ์ ํ๋ฉ๋๋ค. ๋ ํจ์จ์ ์ธ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ๊ฐ๋ฐํ๊ณ ๊ณ ์ฑ๋ฅ ์ปดํจํ ๋ฆฌ์์ค๋ฅผ ํ์ฉํ๋ ๊ฒ์ด ์ด ์ ํ์ ๊ทน๋ณตํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ๋ง ๋จ๋ฐฑ์ง: ๋ง ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ๋ง ํ๊ฒฝ์ ๋ณต์ก์ฑ๊ณผ ์คํ์ ๊ตฌ์กฐ์ ์ ํ๋ ๊ฐ์ฉ์ฑ์ผ๋ก ์ธํด ํนํ ์ด๋ ต์ต๋๋ค.
- ๋จ๋ฐฑ์ง ๋์ญํ: ๋จ๋ฐฑ์ง์ ๋์ ํ๋์ ์ดํดํ๋ ๊ฒ์ ๊ธฐ๋ฅ์ ์ดํดํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค. ๋จ๋ฐฑ์ง ๋์ญํ์ ์ ํํ๊ฒ ํฌ์ฐฉํ ์ ์๋ ๊ณ์ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๊ฒ์ ์ฌ์ ํ ํ๋ฐํ ์ฐ๊ตฌ ๋ถ์ผ์ ๋๋ค.
- ์ค์ ํ ๋ฐ ์์ง: ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ ๋ฐ ์์ง์ ์์ธกํ ์ ์๋ ๊ณ์ฐ ๋ชจ๋ธ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๊ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ๊ณผ ๊ด๋ จ๋ ์ง๋ณ์ ์ดํดํ๊ณ ์น๋ฃํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
๊ณ์ฐ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ๋ฏธ๋ ๋ฐฉํฅ์ ๋ค์๊ณผ ๊ฐ์ต๋๋ค.
- ํ์ฅ ๊ฐ์ : ๋ ์ ํํ๊ณ ์ ๋ขฐํ ์ ์๋ ํ์ฅ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๊ฒ์ ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ์ ์ ํ๋๋ฅผ ํฅ์์ํค๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ํฅ์๋ ์ํ๋ง ๋ฐฉ๋ฒ ๊ฐ๋ฐ: ๋ ํจ์จ์ ์ธ ํฅ์๋ ์ํ๋ง ๋ฐฉ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๊ฒ์ ๋ ๊ธด ์๊ฐ ๊ท๋ชจ๋ฅผ ํ์ํ๊ณ ๋ณต์กํ ์๋ฌผํ์ ๊ณผ์ ์ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ๋จธ์ ๋ฌ๋๊ณผ ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ ํตํฉ: ๋จธ์ ๋ฌ๋๊ณผ ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๊ฐ์ ์ ๊ฒฐํฉํ๋ฉด ๋ ์ ํํ๊ณ ํจ์จ์ ์ธ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ ์์ธก ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ๋ง๋ค ์ ์์ต๋๋ค.
- ๋จ๋ฐฑ์ง ๋์ญํ ์์ธก์ ์ํ ๋ฐฉ๋ฒ ๊ฐ๋ฐ: ๋จ๋ฐฑ์ง ๋์ญํ์ ์ ํํ๊ฒ ํฌ์ฐฉํ ์ ์๋ ๊ณ์ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๊ฒ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ธฐ๋ฅ์ ์ดํดํ๋ ๋ฐ ์ค์ํฉ๋๋ค.
- ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ ๋ฐ ์์ง ํด๊ฒฐ: ๋จ๋ฐฑ์ง ์ค์ ํ ๋ฐ ์์ง์ ์์ธกํ๊ณ ์ดํดํ๊ธฐ ์ํ ๊ณ์ฐ ๋ชจ๋ธ์ ๋ํ ์ง์์ ์ธ ์ฐ๊ตฌ๋ ์์ธ ํ์ด๋จธ๋ณ ๋ฐ ํํจ์จ๋ณ๊ณผ ๊ฐ์ ์ง๋ณ์ ๋ํ ์๋ก์ด ์น๋ฃ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๋ฐ ํ์์ ์ ๋๋ค.
๊ฒฐ๋ก
๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ์๋ฌผํ์ ๊ณผ์ ์ ์ดํดํ๊ณ ์๋ก์ด ์น๋ฃ๋ฒ์ ๊ฐ๋ฐํ๋ ๋ฐ ์ง๋ํ ์ํฅ์ ๋ฏธ์น๋ ๊ณ์ฐ ์๋ฌผํ์ ์ค์ฌ ๋ฌธ์ ์ ๋๋ค. ๋ฌผ๋ฆฌ ๊ธฐ๋ฐ ์๋ฎฌ๋ ์ด์ ๋ถํฐ ์ง์ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ ๋ฐ ๋จธ์ ๋ฌ๋ ์ ๊ทผ ๋ฐฉ์์ ์ด๋ฅด๊ธฐ๊น์ง ๋ค์ํ ๊ณ์ฐ ์๊ณ ๋ฆฌ์ฆ์ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๊ณ ์ดํดํ๋ ๋ฐ ์ค์ํ ์ญํ ์ ํฉ๋๋ค. AlphaFold์ ๊ฐ์ ๋ฅ๋ฌ๋ ๊ธฐ๋ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ ์ต๊ทผ ์ฑ๊ณต์ ์ด ๋ถ์ผ์์ ์ค์ํ ์ด์ ํ๋ฅผ ์ธ์ ์ผ๋ฉฐ, ๋ค์ํ ์๋ฌผํ ๋ฐ ์ํ ๋ถ์ผ์ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ๊ฐ์ํํ์ต๋๋ค. ๊ณ์ฐ ๋ฐฉ๋ฒ์ด ๊ณ์ ๋ฐ์ ํจ์ ๋ฐ๋ผ ๋จ๋ฐฑ์ง ์ ํ์ ๋ณต์กํ ์ธ๊ณ์ ๋ํ ๋ ๋ง์ ํต์ฐฐ๋ ฅ์ ์ ๊ณตํ์ฌ ์๋ก์ด ๋ฐ๊ฒฌ๊ณผ ํ์ ์ ๊ธธ์ ์ด ๊ฒ์ ๋๋ค.